粪菌移植可用于治疗某些类型的慢性便秘、肠易激综合征等消化系统疾病。

因为该技术涉及从健康人士提取其粪便中的有益微生物群，然后将其注入患者体内以重建肠道微生物平衡。肠道微生物群对人体多种功能至关重要，包括食物吸收、代谢以及免疫调节等；通过调整这一生态系统，可期望改善相关消化道症状。

粪菌移植在特定情况下可能被用于治疗某些类型的精神障碍，如抑郁症或焦虑症，但不是失眠症。

实施粪菌移植时需严格遵守无菌操作规程，并密切监测可能出现的不良反应。此外，对于有特殊饮食要求的个体，应确保所使用的菌群源与目标人群的营养需求相匹配。